BLOSUM打分矩阵 是一种在 生物信息学 中用于 序列对比 的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中，他们从BLOCKS数据库中对那些在高度 保守序列 中的 蛋白质家族 进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩阵中的分值。与 PAM打分矩阵 相比，BLOSUM打分矩阵的内容皆由观察得出。 [ 1 ] 在实际运用中，BLOSUM矩阵通常能获得更好的结果。 目前最常使用的BLOSUM62矩阵被发现存在计算错误。然而这些计算错误却使该矩阵在序列对比时的表现提高了 [ 2 ]

^ Henikoff, S.; Henikoff, J.G. Amino Acid Substitution Matrices from Protein Blocks . PNAS. 1992, 89 (22): 10915–10919. PMC 50453 . PMID 1438297 . doi:10.1073/pnas.89.22.10915 . ^ Styczynski, M. P. (2008). BLOSUM62 miscalculations improve search performance [PDF]. Nature Publishing Group. (PDF) . [ 2017-03-01 ] . （原始内容 存档 (PDF) 于2019-02-15）.